Puedes usar la variable de entorno PROCESSOR_ARCHITECTURE, para obtener su valor en un .bat se puede usar: %PROCESSOR_ARCHITECTURE%.
Un ejemplo de uso en un if, en para tu caso:
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if "%PROCESSOR_ARCHITECTURE%" == "x86" ( msiexec /i \\proyectoa.local\Startup\Software\Autofirma\AutoFirma_32_v1_7_2_installer.msi /quiet FIREFOX_SECURITY_ROOTS="true" ) else ( msiexec /i \\proyectoa.local\Startup\Software\Autofirma\AutoFirma_64_v1_7_2_installer.msi /quiet FIREFOX_SECURITY_ROOTS="true" ) |
