Una forma rápida de hacerlo es ejecutando el comando (desde la consola de comandos, accediendo con PuTTy por ejemplo):
service iptables stop
Para volverlo a habilitar:
service iptables start
Si quieres dejarlo deshabilitado de forma permanente (aunque reinicies el equipo) puedes usar:
chkconfig iptables off
Para volverlo a habilitar:
chkconfig iptables on
